In den ersten Jahrzehnten des 20. Jahrhunderts wurde dieser Standort zum Ent- und Beladen von Post genutzt und hatte direkten Zugang zur Via Ferrante Aporti(heute Piazza Edmond J. Safra, 1), auf der rechten Seite des Bahnhofs. Hier gibt es eine große Öffnung, die für die Einfahrt von Lastwagen geeignet ist, mit einem sehr tiefen Abteil im Inneren.

In der Zeit zwischen 1943 und 1945, während der Nazi-Besatzung und der Italienischen Sozialrepublik, fuhren von hier aus zahlreiche Konvois jüdischer Menschen ab, die für die Konzentrations- und Vernichtungslager der Nazis bestimmt waren, vor allem Auschwitz-Birkenau. Das Lager war auch Ausgangspunkt für einige Konvois politischer Häftlinge, die nach Mauthausen oder zusammen mit jüdischen Deportierten in das Durchgangslager Fossoli gebracht wurden.

Die "Verladung" der Deportierten fand in einem großen dunklen Raum statt, der vor neugierigen Blicken geschützt war. Der Transport vom Mailänder Gefängnis San Vittore zum Hauptbahnhof fand im Morgengrauen statt. Die Häftlinge wurden in Lastwagen gepfercht, die mit großen Planen verschlossen waren, und kamen in der unterirdischen Ebene der Via Ferrante Aporti an und wurden unter Pfiffen, Schreien und Hundegebell gewaltsam in Viehwaggons verladen, die im tiefsten Teil der Gleise anhielten. Der Wagen wurde dann auf ein drehgestell gestellt, das sich auf den Gleisen eines langen unterirdischen Tunnels bewegte, von wo aus er, nachdem er an den Rest des Konvois angekoppelt worden war, abfuhr.

Bis zu achtzig Deportierte pro Waggon, die auf engstem Raum zusammengepfercht waren, mussten tagelang unter unmenschlichen Bedingungen ausharren. Dieser Ort, an dem sich die Gedenkstätte heute befindet, ist aufgrund der physischen Unversehrtheit dieser Räume, die durch archäologische Ausgrabungen so weit wie möglich in ihr ursprüngliches Erscheinungsbild zurückversetzt wurden, von hohem historischem und zeitgeschichtlichem Wert, wobei die Spuren der Zeit an den Stahlbeton- und Eisenstrukturen erhalten blieben.

Der Weg im Inneren der Gedenkstätte führt durch weitläufige Räume, die in eine gespenstische Düsternis gehüllt sind. Es ist ein Erlebnis, das aussagekräftige Informationen liefert und starke Emotionen hervorruft, indem es an die vergangenen Ereignisse erinnert, die in der Umgebung in einem starken und realistischen Licht dargestellt werden. Ausgelöst durch den Zügen auf den darüber liegenden Gleisen, erschüttert ein donnerndes Geräusch die im Untergeschoss Steinerne Stille.

Die Gedenkstätte besteht aus zwei wesentlichen Teilen: dem Ort des Gedenkens, der aus dem Bereich der Gleise besteht, wo man, wenn man tiefer geht, die Gruben sehen kann, und wo sich die Wand der Namen befindet, in der die 774 Namen der Juden der ersten beiden Konvois, die vom 6. Dezember 1943 und vom 30. Januar 1944 direkt vom Hauptbahnhof nach Auschwitz-Birkenau fuhren und von denen nur siebenundzwanzig überlebten, eingraviert sind.

Entlang der Säulen des Bogens befinden sich die Tafeln der Dauerausstellung mit dem Titel "Reise der Erinnerung". Die Werkstatt der Gedenkstätte, d. h. der Studien- und Arbeitsbereich, befindet sich dann im Bereich der Straßenfront. Im Untergeschoss befindet sich außerdem ein Auditorium, das für Vorträge und Debatten genutzt wird.

Am Eingang der Gedenkstätte befindet sich eine Wand mit der großen Inschrift "Gleichgültigkeit", die laut Liliana Segre, die als 13-Jährige hierher deportiert wurde und glücklicherweise überlebte, eine der grundlegenden Ursachen war, die die Tragödie der Shoah ermöglichten.