Im Juni 1940 kam die erste Gruppe von Soldaten, um den Aussichtsposten auf dem Middendijk zu bauen. Sie errichteten einen acht Meter hohen Turm und ein teilweise im Deich versenktes Mannschaftsquartier. Etwas älter waren die sieben Mann und ein Unteroffizier; nicht für vorne geeignet, aber für leise, aber wichtige Aufgaben. Im April 1941 wurde die Gruppe durch eine andere Einheit abgelöst.

Die Fluwa van Warffum bot rundum freie Sicht und die Besatzung konnte alles sehen, was aus dem Westen (England) in Richtung der deutschen Städte Emden, Wilhelmshaven, Bremen, Hamburg und Kiel flog. Die Schichten der Besatzung dauerten zwölf Stunden; die vier arbeiteten gleichzeitig, während die anderen vier ruhten. Die Deutschen der Fluwa bemühten sich um gute Beziehungen zur lokalen Bevölkerung. Sie gingen regelmäßig ins Café in Warffum, erledigten ihre Einkäufe und unternahmen kleine Touristenausflüge. Sie gingen auch in die Polder, um zu jagen oder zu schwimmen. Der Aussichtspunkt war für die Warffumer Jugend kein verbotenes Terrain: Kinder aus dem Polder, die im Dorf zur Schule gingen, durften für einen kürzeren Weg ins Dorf über das Gelände laufen.

Im März 1942 wurde der Fluwa Warffum, wie anderen Flugwachen in den Niederlanden, befohlen, sich auf eine mögliche Verteidigung des Standorts vorzubereiten. In Frankreich war ein ähnlicher Posten durchsucht worden, und wertvolle Informationen waren in die Hände der Alliierten gelangt. Fluwa Warffum musste mit Stacheldrahtsperren, einem Maschinengewehrnest und einem Bunker ausgestattet werden. Auch die Besatzung musste einer Einkreisung standhalten und daher über Vorräte und eine eigene Trinkwasserversorgung verfügen. Die Umsetzung der Pläne verzögerte sich bis zum Sommer 1943.

Stacheldraht wurde um den Bunker gelegt und ein Schild in der Nähe der Straße aufgestellt: „Zivilisten, die sich ohne Beweise an diesen Positionen aufhalten, werden scharf erschossen.“ Die Schulkinder durften aber trotzdem vorbeigehen. Die Fluwa Warffum blieb bis Oktober 1944 im Einsatz. Dann übernahm die moderne Radarstation Gazelle bei Veendam einen Großteil der Aufgaben. Der Fluwabunker bei Warffum bekam vermutlich eine weitere Funktion als Verteidigungsstellung. Eine Luftaufnahme von 1945 zeigt neben dem Bunker vier Geschützstellungen, die die Deutschen gegen die Alliierten einsetzen konnten. Die Position wurde jedoch nie vollständig fertiggestellt und bewaffnet.

Als sich die Deutschen während der Kämpfe um die Stadt Groningen nach Delfzijl zurückzogen, versuchten sie, die Fluwa Warffum zu zerstören. Sie warfen Handgranaten in den Bunker, der aber nur leicht beschädigt wurde. In ihrer Eile unternahmen sie keinen zweiten Versuch. Nach der Befreiung nutzten kanadische Soldaten in Warffum den Bunker regelmäßig, um mit holländischen Mädchen ihre Freiheit zu „feiern“. 1955 wurde der Bunker abgerissen. Gleichzeitig erschien in der Nähe des Standorts der Fluwa ein Air Watchtower, der russische Flugzeuge während des Kalten Krieges beobachten sollte. Der Standort der Fluwa war daher äußerst günstig.

Ties Groenewold, Flugwache Warffum, über eine unbekannte Position im Noordpolder