Während des Zweiten Weltkriegs wurden zwischen 1942 und 1944 Hunderte von Juden aus dem Westen des Landes mit der Jan van Nieveen von Amsterdam über das IJsselmeer nach Lemmer in Friesland geschmuggelt. Darunter waren auch viele der 210 Amsterdamer „Krippenkinder“. Sie mussten manchmal unter Bänken und hinter Gepäckstücken verschwinden. Oder sie mussten sich verkleiden, wenn es gefährlich wurde. Kapitän Haije Bouwman wusste davon, tat aber so, als würde er nichts merken.

Von Lemmer aus gab es eine Route nach Sneek und auch eine nach Leeuwarden. In Sneek holten der mennonitische Pfarrer, seine Frau und der Kaplan die Kinder ab und arrangierten über die mennonitischen Religionsgemeinschaften von Sneek und Leeuwarden eine Unterkunft. Die Kinder wurden bei Gastfamilien in ganz Friesland untergebracht, wo sie bis zum Kriegsende blieben.

Neben dem Transport von "Schmuggelkindern" nach Friesland spielte auch die friesische Schifffahrt eine wichtige Rolle im Hungerwinter. Vor allem junge Hungerevakuierte aus dem Westen der Niederlande überquerten das IJsselmeer, um in Friesland aufgenommen zu werden. Umgekehrt wurden auch Lebensmittel aus Friesland in den hungernden Westen geschickt, zum Beispiel tausend vom Widerstand gestohlene Käselaibe, die von den Besatzern für Deutschland bestimmt waren.

Gegen Ende des Krieges nutzten viele deutsche Soldaten die Lastkähne zwischen Friesland und Amsterdam, um vor den vorrückenden Kanadiern zu fliehen.

Manchmal wurden Schiffe auch als Sabotagemittel eingesetzt, wie zum Beispiel bei Kingmatille, wo ein Lastkahn vom Widerstand versenkt wurde, um die Wasserstraße zwischen Leeuwarden und Harlingen zu blockieren.

In Burgum spielten friesische Schiffe eine besondere Rolle, als sie, insgesamt sieben an der Zahl, eine Notbrücke bilden mussten, um die zerstörte Brücke am Burgumerdaam zu ersetzen.

Das Fries Scheepvaartmuseum ist ein Museum über die Geschichte der Schifffahrt in Friesland, den Eissport und die Geschichte der Stadt Sneek. Das Gebäude am Kleinzand wurde während des Krieges von der Familie Lever bewohnt. Vater Hendrik Jacob, Mutter Berendiena, die Söhne Jan und Henk und Tochter Meta waren alle im Widerstand aktiv. Sie verteilten illegale Zeitungen und halfen jüdischen Landsleuten, Verstecke zu finden. Für die männlichen Familienmitglieder endete dies tödlich. Vater Hendrik starb in Dachau, Sohn Jan wurde bei einem Feuergefecht in Eenum (Groningen) getötet und Henks Leben endete vor dem Erschießungskommando im Lager Vught.