Im Januar 1945 rückte die Sowjetarmee von Osten her nach Deutschland vor und gewann beträchtlich an Boden. Die damalige Stadt Küstrin war ein wichtiges Ziel an der Oder, weil eine Eisenbahnlinie und eine Straße über die dortigen Brücken direkt nach Berlin führten. Die deutschen Truppen erklärten Küstrin erneut zur Festung, ergänzten notdürftig die historischen Verteidigungsanlagen und stellten eine Garnison von etwa 10.000 Mann zusammen, die den Feind bei der Einnahme der Stadt und der Besetzung der Brücken so lange wie möglich aufhalten sollte.

Die ersten Einheiten der Sowjetarmee erreichten Kostrzyn am 31. Januar 1945. In den folgenden Wochen wurden unter heftigem deutschen Widerstand Brückenköpfe errichtet und die Stadt bis auf einen kleinen Korridor abgeriegelt. Sie konnte jedoch nicht eingenommen werden.

Am 6. März begann die Sowjetarmee einen simultanen Angriff von mehreren Seiten, der zur vollständigen Beseitigung der Festung führen sollte. Am 22. März 1945 wurden die sowjetischen Brückenköpfe erfolgreich zusammengeführt und die Festung Küstrin von der Versorgung abgeschnitten. Die deutschen Versuche, die Festung zu entlasten, blieben erfolglos, woran auch das persönliche Eingreifen Hitlers nichts änderte. Ab dem 24. März wurde die Altstadt so stark bombardiert, dass kein Gebäude die Angriffe überstand. In den folgenden Tagen wurde die Festung schließlich eingenommen und es wurden Ersatzbrücken für den Verkehr und die Eisenbahn gebaut. Bereits am 25. April rollte der erste Zug über die Brücken in Richtung Berlin.

Die deutschen Truppen hatten ihre Verteidigungsanlagen auf den rund zehn Kilometer entfernten Seelower Höhen ausgebaut. Dort fand vom 16. bis 19. April 1945 die letzte große Schlacht des Zweiten Weltkriegs statt. Am 8. Mai 1945 kapitulierte Nazi-Deutschland und die nationalen Grenzen Deutschlands und Polens wurden neu gezogen. Infolge der Verschiebung Polens nach Westen wurde Küstrin zu Kostrzyn nad Odrą. Die neue Stadt wurde wiederaufgebaut. Das Gebiet der alten Stadt wurde im neuen deutsch-polnischen Grenzgebiet sich selbst überlassen und war fast 50 Jahre lang "vergessen". Erst nach 1989 begann man, einige Bereiche der Festung zu erschließen, wobei unter den Erdaufschüttungen Ruinen alter Häuser, gepflasterter Straßen und Gehwege zum Vorschein kamen.

Heute ist das Museum der Festung Kostrzyn in Kostrzyn nad Odrą ein einzigartiges Monument, das auch als "Pompeji an der Oder" bezeichnet wird. Es ist eine eindrucksvolle Erinnerung an den Krieg und seine Folgen. Ausstellungen erzählen die Geschichte der Festung und Informationstafeln geben den Besucherinnen und Besuchern Orientierungshilfe bei der Besichtigung des ehemaligen alten Stadtkerns von Küstrin.