Die jüdische Gemeinde in Arnheim ist eine der ältesten in den nördlichen Niederlanden. Bereits im Mittelalter ließen sich Juden in dieser Stadt nieder und die Gemeinde wuchs. An der Stelle, an der sich heute die Synagoge befindet, stand 1780 das Geburtshaus von Jonas Danil Meijer. Er wurde ein berühmter Jurist, der unter anderem an dem niederländischen Grundgesetz beteiligt war und sich stark für die Emanzipation der jüdischen Gemeinde in den Niederlanden einsetzte. Im 19. Jahrhundert wächst die jüdische Gemeinde in Arnheim zu einer blühenden und bedeutenden Gemeinde mit einem umfassenden sozialen Leben.

Kurz vor dem Zweiten Weltkrieg steigt die Zahl der jüdischen Einwohner mit jüdischen Flüchtlingen aus Nazi-Deutschland auf etwa 2.100 erheblich an. Als die deutschen Besatzer nach dem Einmarsch 1940 antijüdische Maßnahmen einführen, kann auch die jüdische Gemeinde in Arnheim diesen nicht entkommen. Juden dürfen die Parks und Grünanlagen nicht mehr betreten, bestimmte Geschäfte nicht mehr besuchen, sie werden auf Anordnung der deutschen Besatzer entlassen, jüdische Fußballspieler dürfen nicht mehr für Vitesse Arnheim spielen und so weiter. Nach und nach werden die Juden in Arnheim durch die deutschen Maßnahmen zunehmend von den anderen Bewohnern isoliert. Dann folgt die Gewalt. 1941 werden jüdische Geschäfte geplündert und fremden versuchen, die Synagoge in Brand zu setzen.

Im Frühjahr 1942 müssen 163 Familien, überwiegend jüdische Flüchtlinge, auf deutschen Befehl in das dortige jüdische Viertel von Amsterdam umziehen. Im Herbst folgen Razzien, bei denen mehrere hundert jüdische Arnheimer von der Arnheimer Polizei festgenommen und über Westerbork in Vernichtungslager gebracht werden. Im März 1943 wurde der deutsche Befehl erlassen, dass alle Juden Gelderland verlassen müssen. Mehr als 1.300 Menschen werden abtransportiert. Die Synagoge wird von den Deutschen als Lagerraum für beschlagnahmte Radios der Arnheimer Bevölkerung genutzt.

Im September 1944 gibt es fast schon keine jüdischen Arnheimer mehr, die Zeuge der Kämpfe an der Brücke werden. Hier und da verstecken sich noch ein paar Juden in der Stadt, aber sie wagen sich nicht nach draußen. Obwohl mehrere Gebäude in der Pastoorstraat niederbrannten, blieb die Synagoge verschont.

Als die Stadt nach der Schlacht um Arnheim auf Befehl der Deutschen evakuiert wird, müssen auch die untergetauchten Juden anderswo einen sicheren Platz finden. Leider wurden aufgrund dieser Evakuierung mehrere Juden, die untergetaucht waren, festgenommen. Nach dem Krieg stellte sich heraus, dass 1.300 der 2.000 Juden in Arnheim in den Konzentrationslagern oder anderswo umgekommen waren.