Nach der Invasion Belgiens durch Nazi-Deutschland im Mai 1940 wurde Eupen Teil des Deutschen Reichs. Brüll trat freiwillig der Hitlerjugend bei und seine Familie erhielt im September 1941 die deutsche Staatsbürgerschaft zurück. Mit der deutschen Staatsbürgerschaft kam auch der Wehrdienstbefehl und Brüll begann seinen Dienst in der Wehrmacht. Nach einer sechsmonatigen militärischen Ausbildung wurde der 19-jährige Nikolaus Brüll im März 1942 an die Ostfront gesandt. 

Die militärische Karriere von Brüll fand im August 1943 ein abruptes Ende, als er schwer am Bein verwundet wurde. Die Wunde war dermaßen schlimm, dass sein Bein amputiert werden musste, wodurch er den Rest des Krieges in Militärkrankenhäusern verbrachte. Im Mai 1945 wurde er von amerikanischen Truppen verhaftet. 

Nach dreieinhalb Jahren der Abwesenheit konnte Brüll im Oktober 1945 nach Hause zurückkehren. Nach der Befreiung wurde Eupen wieder Teil Belgiens und sämtliche „deutschen“ Bürger von Eupen – einschließlich Brüll und seiner Familie – wurden Ziel von Ermittlungen. Bereits kurz nach seiner Rückkehr fand sich Brüll als Gefangener im Internierungslager Verviers wieder. Er wurde angeklagt, gegen Belgien gekämpft zu haben und Mitglied der Hitlerjugend gewesen zu sein. Nachdem er bewiesen hatte, dass sein Militärdienst obligatorisch gewesen war, wurde er freigelassen und erlangte später seine bürgerlichen und politischen Rechte zurück.

Trotz alledem gelang es Brüll nie, den Krieg vollständig hinter sich zu lassen. Sein amputiertes Bein und sein Gehstock erinnerten ihn täglich an seine Erlebnisse und machten es ihm unmöglich, seine Geschichte vor anderen geheim zu halten.