Er wurde in Völlen, nahe der Grenze zu den Niederlanden, geboren. 1931, im Alter von 19 Jahren, trat er in die NSDAP bei und wurde drei Jahre später in die Reihen der SS aufgenommen. Schon bald wurde er zunächst dem Lager Esterwegen und dann dem Lager Sachsenhausen bei Berlin zugeteilt. Wir wissen nicht viel über seine Taten zu dieser Zeit. Es ist jedoch bekannt, dass er 1941 der Aktion "T4" zugeteilt wurde - einer Operation zur Ermordung von Menschen mit geistigen und körperlichen Behinderungen.

Seine Karriere kam in den Schwung als die Operation Reinhardt im Generalgouvernement durchgeführt wurde. Da schickte man Johan Niemann ins besetzte Polen, wo neue Vernichtungszentren eingerichtet wurden. Der junge SS-Mann wurde zunächst nach Belzec geschickt, wo gerade das Lager II eingerichtet wurde, eine Vernichtungszone, d. h. ein Ort, an dem sich Gaskammern und Massengräber befanden. Niemann hatte eine enge Beziehung zum Lagerkommandanten Christian Wirth, was der Grund für seine Versetzung ins Lager Sobibor gewesen sein könnte. Dort wurde Johan Niemann stellvertretender Kommandant. Im Frühjahr 1943 wurde er in den Rang eines Untersturmführers (SS-Leutnant) befördert.

An dem Tag, an dem die Meuterei im Lager ausbrach, war Johan Niemann der ranghöchste Offizier und wurde daher als erster von den Häftlingen eliminiert. Er wurde von Juden aus einer Gruppe, die Kleidung von Ermordeten sortierte, in den Schuppen gelockt, um eine Lederjacke anzuprobieren, die für ihn bestimmt war. Als er hineinging, tötete ihn Alexander Shubayev, ein jüdischer Soldat der Roten Armee, mit einem Axthieb auf den Kopf.

Viele Jahre nach dem Krieg, im Jahr 2015, fand Niemanns Familie zwei Fotoalben, die er aufgenommen hatte. Unter den überlebenden Fotos befanden sich solche, die die Aktivitäten des Lagers Esterwegen dokumentieren und die Teilnahme des Autors an der Operation "T4" sowie die Lager in Belzec und Sobibor zeigen. Die Sammlung wurde dem United States Holocaust Memorial Museum gestiftet.