Der Ausbruch des Ersten Weltkriegs unterbricht seine Ausbildung. Nach dessen Ende beschloss er, seine Zukunft mit dem Klerus zu verbinden. Er begann sein Studium am Salesianerzentrum für Spätberufenen aus der Tschechischen Republik in Perosa Argentino, Italien. Am 1. Juli 1932 wurde er zum Priester geweiht und promovierte an der Gregorianischen Universität in Rom.

Er kehrte in die Tschechische Republik zurück, wo er begann, die salesianischen Ideen zu verbreiten, Bildungszentren und Kirchen zu errichten und unter anderem ein philosophisches Studentat (Kloster) mit einem Internat für Tschechen und Slowaken zu unterstützen. In den 1930er Jahren entwickelte sich die Arbeit von Pfarrer Trochta dank der Unterstützung der örtlichen Gemeinden und der Hilfe der tschechoslowakischen Behörden dynamisch. Doch am Ende des Jahrzehnts gerieten die Tschechoslowakei und bald ganz Europa in eine schwierige Lage. Trochtas Heimat wurde von Deutschland annektiert, und die Slowakei wurde zu einem Marionettenstaat gemacht.

In Nazi-Deutschland wurden nicht nur Juden, Roma und Homosexuelle verfolgt. Auch der Klerus, einschließlich des katholischen, war dem Terror des Landes ausgesetzt. Himmler, Goebbels und Hans Frank erwähnten die Bekämpfung des Klerus. Der spätere stellvertretende Reichsprotektor für Böhmen und Mähren, Reinhard Heydrich, einer der Organisatoren der Wannseekonferenz und damit der Urheber des Holocaust, hegte einen Hass auf die verschiedenen Konfessionen und erteilte der Gestapo sogar den Befehl, gegen jede Form von religiöser Opposition vorzugehen. Während der Zeit des Nationalsozialismus wurden Priester, Nonnen und Mönche verhaftet, katholische Schulen geschlossen, kirchliches Eigentum beschlagnahmt und christliche Jugendorganisationen, darunter auch die Salesianer, aufgelöst. Katholische Priester wurden systematisch unterdrückt. In Dachau, einem Konzentrationslager mit Vorbildcharakter, gab es eine spezielle, getrennte Baracke (Nr. 26) für katholische und evangelische Geistliche. Dort waren über 400 Personen inhaftiert.

Ähnliche Repressionen betrafen tschechische kulturelle und religiöse Zentren. Fast 500 Priester und Mönche wurden in Konzentrationslagern eingesperrt. Am 27. Mai 1942 ermordete die tschechische Widerstandsbewegung Heydrich. Einen Tag später begann die Rache in dem besetzten Land mit verdoppelter Gewalt des Terrors. Am Tag nach dem Attentat wurde Štěpán Trochta verhaftet und anschließend in das Konzentrationslager Theresienstadt gebracht. Seine "Schuld" waren Kontakte mit der Nuntiatur und geheime Kontakte mit Italien.

Nach kurzer Zeit wurde der Priester in weitere Konzentrationslager gebracht, nach Mauthausen und Dachau. Einmal entkam er auf wundersame Weise dem Tod - er wurde zusammen mit 7 anderen Häftlingen dazu aufgerufen, während des Appells die Latrinen zu leeren. Während der Arbeit, beim Schieben eines Wagens voller Abfälle, rutschte Štěpán Trochta in seinen Holzschuhen aus. Ein ungeduldiger SS-Mann schoss zweimal auf ihn. Der Priester fiel zu Boden und stellte sich tot, in der Hoffnung, dass der Deutsche nicht kommen und ihn töten würde. Der Verletzte wurde auf einen Wagen geworfen, der die Leichen zum Krematorium transportierte. Zwischen toten Mitgefangenen liegend, verlor Štěpán Trochta das Bewusstsein. Zu seinem Glück brachten ihn die Häftlinge nicht dorthin, weil der Alarm ertönte, der seine Arbeit beendete und alle zum Abendappell rief. Štěpán Trochta wachte auf, riss einem toten Häftling ein Kleidungsstück ab, verband sich damit und ging ins Lagerkrankenhaus.

Trochta erlebte seine Freiheit im Lager Dachau, wo seine Mitgefangenen ihn als einen Menschen in Erinnerung behielten, der anderen nicht nur materiell, sondern auch geistig half: Er teilte Lebensmittel aus Paketen und spendete die Sakramente.

Nach dem Krieg kehrte er in die Tschechoslowakei zurück. Er wurde von Papst Pius XII. zum Bischof ernannt, aber schon bald wurde er von den kommunistischen Behörden unterdrückt, die ihn internierten und dann zu 25 Jahren Gefängnis verurteilten. Der Amnestierte arbeitete als Bauunternehmer. Im Jahr 1962 ging er in den Ruhestand und lebte in einem Pflegeheim unter der Aufsicht der Miliz. Er starb im Jahr 1974.