Sein Vater war ein Jude polnischer Herkunft, der in der Slowakei lebte, wo er ein Hotel betrieb. Die Mutter von Thomas Buergenthal hingegen war eine deutsche Jüdin, die eines Tages das Hotel besuchte, um eine Pause von den Freiern in ihrer Heimatstadt Göttingen zu machen. Ein Jahr später wurde Thomas in Lubochna, Tschechoslowakei, geboren. Seine erhaltenen Memoiren enthalten Geschichten über die Verfolgung von Menschen jüdischer Abstammung. Das Hotel seines Vaters wurde beschlagnahmt, was zur Folge hatte, dass die Familie nach Zylina umziehen musste. Aus dieser Zeit erinnert sich Thomas Buergenthal, dass seine Mutter kochen lernen musste, was sie zuvor nicht getan hatte, weil sie einen Koch im Hotel hatten:

In Lubochna musste meine Mutter nie kochen (...) in Zylina war das ganz anders, und ich merkte bald, dass meine Mutter keine besonders gute Köchin war. Einmal hat sie ein ungenau geschlachtetes Huhn gebacken. Mein Vater machte sich daran, und nach einer Weile hatte er den Mund voll Getreide (...) er spuckte es natürlich aus, und es begann eine große Schlägerei: "Ich dachte, sie hätten dir in dieser Pension in Göttingen etwas beigebracht!" - brüllte er. Die Mutter ging zum Gegenangriff über, indem sie irgendeinen längst vergessenen Vorfall erwähnte, an dem er schuld war, und als der Vater sagte, das habe nichts mit der Qualität ihrer Küche zu tun, warf sie ihm vor, das Thema zu wechseln.

Nach dem Einmarsch der Deutschen in die Tschechoslowakei floh die Familie Buergenthal nach Polen. Bald darauf erhielten sie alle ein Ausreisevisum nach Großbritannien. Nachdem von den Engländern vorbereiteten Plan sollte die Familie Buergenthal Polen am 1. September verlassen, aber nach Ausbruch des Zweiten Weltkriegs landete die Familie in Kielce, wo sie bis zur Liquidierung des Ghettos im August 1942 lebte. Thomas Buergenthal, damals ein 7-jähriger Junge, erinnert sich an diese schrecklichen Momente:

In der grauen Morgendämmerung wurden wir von Hupen geweckt (...) die Liquidierung des Ghettos war im Gange (...) von überall her kamen Schreie und Weinen. Meine Mutter fing sofort an, Koffer zu packen und flehte meinen Vater an, sich zu beeilen. Vater stand an der Küchenspüle, rasierte sich äußerst sorgfältig und forderte Mutter immer wieder auf, sich zu beruhigen. "Lass mich nachdenken" - wiederholte er immer wieder.

Die Juden von Kielce wurden größtenteils nach Treblinka gebracht und dort ermordet. Thomas' Vater hingegen bekam eine Stelle als Werkstattleiter, der Kleidung und Schuhe für die Gestapo, deutsche Polizisten und deren Familien herstellte. Dank des Passierscheins seines Vaters, den dieser ihm für das Verlassen des Ghettos ausgestellt hatte, überlebte die Familie Buergenthal die Liquidierung des Ghettos und kam in ein örtliches Arbeitslager.

Im August 1944 wurden der 10-jährige Thomas Buergenthal und seine Eltern nach Auschwitz deportiert. Er wurde auf der Eisenbahnrampe von seiner Mutter getrennt und verbrachte die nächsten zwei Monate mit seinem Vater. Während der Selektion durch den berühmten Dr. Mengele entging er mehrmals der Gaskammer. In dieser Zeit wurden vor allem Kinder getötet, aber dank der Fürsorge seines Vaters konnte er überleben.

Im Oktober fand eine Selektion statt, bei der Thomas Buergenthal von seinem Vater weggebracht wurde. Er hat ihn später nie wieder gesehen. In den folgenden Monaten musste Thomas Buergenthal für sich selbst sorgen. Anfang Januar 1945 begann die Evakuierung des Lagers. Der noch nicht einmal 11-jährige Junge nahm am sogenannten "Todesmarsch" teil.

Ich bin wie in Trance gelaufen. Ich zwang mich, weiterzugehen, denn ich wollte leben.

Der Marsch von Tausenden von Häftlingen erreichte Gliwice, und dann erreichte der Transport in unbedeckten Waggons das Konzentrationslager Sachsenhausen. Vor Ort stellte ein kleiner Junge fest, dass seine Füße erfroren waren. Er wurde in das Lagerkrankenhaus gebracht, wo die betroffenen Zehen amputiert wurden. Die nächsten Monate verbrachte Thomas in einer Krankenhausbaracke. Dort half ihm der norwegische Häftling Oddo Nansen, der nach dem Krieg zu einem der Gründer von UNICEF wurde. Das Lager wurde am 22. April 1945 befreit. Thomas erinnerte sich an die ersten Momente der Freiheit wie folgt:

Als ich in Richtung Küche ging, bemerkte ich eine offene Tür zu einem Büro, ich ging hinein. Vielleicht haben sie uns wirklich befreit", dachte ich, trat an den Schreibtisch und nahm ein Porträt von Hitler von der Wand. Ich schleuderte es auf den Boden (...) Ich spuckte auf das Bild und begann, auf dem Gesicht des Führers herumzutrampeln (...) Nachdem ich diese Arbeit beendet hatte, setzte ich mich hinter den Schreibtisch und nahm den Telefonhörer ab. Es funktionierte nicht, aber trotzdem telefonierte ich und erzählte meinen imaginären Zuhörern, dass Hitler und alle Deutschen tot sind.

Nach der Befreiung kehrte er mit der polnischen Armee nach Polen zurück, wo er eine Zeit lang in einem Heim für jüdische Waisenkinder in Otwock lebte. Dort erfuhr er auch, dass seine Mutter überlebt hatte:

Sie ist also am Leben! Das war der glücklichste Moment in meinem Leben. Ich weinte und lachte gleichzeitig (...) Ich hatte eine Mutter, und das bedeutete, dass ich wieder ein Kind sein konnte.